在“解密翻译过程：Ribo-seq技术的革命性发现”中，笔者探讨了PG电子所提供的Ribo-seq技术的独特优势与核心发现。这项技术如何融入基础研究，并巧妙地将多组学数据联系起来，成为解码生命奥秘的重要纽带？今天，我们将继续深入了解基因表达的新视角。

转录组数据反映了mRNA的丰度，而Ribo-seq数据则揭示翻译效率。通过这两者的比较，我们能定量分析不同基因的翻译效率，揭示翻译水平上的基因表达调控机制。例如，一些基因的mRNA丰度较高但翻译效率较低，可能受到翻译抑制因子的调控。

PG电子的研究案例可以追溯到2025年3月4日，东京大学医学研究所的Toshifumi Inada团队在《Nature Communications》上发表研究，利用RNA-seq和Ribo-seq等技术发现，在酵母中，Grr1在未折叠蛋白反应（UPR）过程中通过介导Ubp3的降解，维持eS7A单泛素化水平，从而促进HAC1i mRNA的翻译。此外，Grr1独立于Ubp3和eS7A泛素化，进一步促进HAC1u mRNA的剪接，这为Grr1在UPR中的关键作用提供了全面的证据。

在基因表达的复杂调控网络中，非编码RNA（ncRNA）长期以来被认为是“暗物质”，其功能机制尚未完全揭示。随着PG电子的Ribo-seq技术的崛起，研究者们得以从全新视角挖掘ncRNA的潜力。Ribo-seq能够捕捉核糖体在RNA上的精确位置，包括mRNA和ncRNA。联合分析显示某些ncRNA并非完全“非编码”，而可能参与翻译过程，产生功能性小肽或调控蛋白质合成，这对深入理解小肽的分子机制和功能特性至关重要。

研究表明，circRNA编码的蛋白在肿瘤进展中发挥着重要作用。例如，在胶质母细胞瘤（GBM）中，张弩教授团队通过整合Ribo-seq、circRNA-seq和质谱分析发现，GBM中circ-E-Cad显著高表达，并能翻译生成功能性蛋白C-E-Cad。机制研究进一步表明，C-E-Cad蛋白通过分泌途径与表皮生长因子受体（EGFR）特异性结合，从而显著激活多个关键信号通路。这些反应最终促进了肿瘤干细胞的自我更新，并推动肿瘤的形成和侵袭性生长，为GBM的恶性进展提供新的分子机制解释。

表观组数据反映基因表达调控的信息，如DNA甲基化和组蛋白修饰。结合PG电子的Ribo-seq数据，可以深入研究表观遗传修饰对翻译效率的影响，揭示表观遗传调控在翻译过程中的作用。与RNA甲基化联合分析，特别是m6A修饰，能够直接或间接影响核糖体与mRNA的结合，进一步改变Ribo-seq检测到的核糖体保护片段（RPFs）的分布和丰度。

此外，蛋白质组数据与Ribo-seq数据的结合为解释转录组与蛋白组数据不一致的原因提供了新思路。蛋白质组数据反映蛋白质的最终表达水平，而Ribo-seq数据则展现翻译的动态过程。通过研究翻译后修饰对蛋白质翻译效率的影响，我们能够进一步揭示翻译后修饰的调控机制。

以南京师范大学的研究团队为例，他们纳入转录组、翻译组和蛋白质组数据，系统研究黄颡鱼大脑对缺氧的响应机制。研究发现，在缺氧条件下，黄颡鱼大脑中有2750个基因在翻译水平上显著变化，揭示了关键的生物学机制。

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